O Κοινωνικός Συνεταιρισμός έχει την παρακάτω Οργανωτική Δομή:

ΓΕΝΙΚΗ ΔΙΟΙΚΗΣΗ

Στον Κοι.Σ.Π.Ε. η διοίκηση εξασκείται σε διαφορετικά επίπεδα από τη Γενική Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο, το Εποπτικό Συμβούλιο, τον Γενικό Διευθυντή και τα στελέχη του. Ειδικότερα:

Γενική Συνέλευση

Κυρίαρχο σώμα για την λήψη ιδιαίτερα σημαντικών αποφάσεων και την χάραξη των κατευθύνσεων του Κοι.Σ.Π.Ε. είναι η Γενική Συνέλευση των μελών του. Ειδικότερα η Γενική Συνέλευση είναι αρμόδια και αποφασίζει για τα παρακάτω θέματα:

• Την εκλογή του Διοικητικού και Εποπτικού Συμβουλίου.
• Την εποπτεία    και  τον έλεγχο των   οργάνων της Διοίκησης, δικαιούμενη   στην παύση   των  μελών   τους   οποτεδήποτε   για σπουδαίο   λόγο   και  κυρίως για παράβαση καθήκοντος ή για ανικανότητα να ασκήσουν χρηστή διαχείριση.
•  Την τροποποίηση του Καταστατικού.
•  Τη συγχώνευση, παράταση της διάρκειας ή την διάλυση ή αναβίωση του Κοι.Σ.Π.Ε..
•  Τα βασικά θέματα επιχειρησιακού σχεδιασμού και για κάθε θέμα που δεν υπάγεται στην αρμοδιότητα άλλου οργάνου.
•  Την επιβολή εισφοράς στα μέλη για την αντιμετώπιση εκτάκτων ζημιών ή άλλων  εξαιρετικών καταστάσεων.
•  Την έγκριση της συμμετοχής του Κοι.Σ.Π.Ε. σε Ευρωπαϊκούς Ομίλους Οικονομικού Σκοπού (Ε.Ο.Ο.Σ.), σε Εταιρείες ή Επιχειρήσεις δημόσιου συμφέροντος καθώς και της αποχώρησης από αυτές.
•  Την έγκριση της συμμετοχής σε Κοινοπραξίες ή Ενώσεις συνεταιριστικές ανωτέρου βαθμού ή της αποχώρησής του από αυτές.
•  Την έγκριση του ισολογισμού και του λογαριασμού «Αποτελέσματα Χρήσης»
•  Τη μεταβολή του ύψους της συνεταιριστικής μερίδας.
•  Την έγκριση του ετήσιου προϋπολογισμού εσόδων και εξόδων.
•  Την απαλλαγή από κάθε ευθύνη των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου.
•  Την ψήφιση του Εσωτερικού Κανονισμού Οργάνωσης και Λειτουργίας.
•  Την αγορά και πώληση ακινήτων.
•  Τέλος, έχει την αποκλειστική αρμοδιότητα για τη λήψη αποφάσεων στα θέματα που αναφέρονται στο άρθρο 12 του ν. 2716/99.

Στην Γενική Συνέλευση έχουν δικαίωμα συμμετοχής όλα τα μέλη του Συνεταιρισμού χωρίς κανένα αποκλεισμό. Τα Μέλη του Κοι.Σ.Π.Ε., ανεξάρτητα από την κατηγορία στην οποία ανήκουν, μετέχουν και ψηφίζουν αυτοπροσώπως ή με ατομική εξουσιοδότηση μόνο για μια και συγκεκριμένη συνέλευση ή για όποια την αναπληρώσει σε περίπτωση αναβολής.

Η Γενική Συνέλευση συγκαλείται τακτικά ή έκτακτα με βάση το νόμο και το καταστατικό.

Το Διοικητικό Συμβούλιο ενημερώνει με κάθε πρόσφορο μέσο τα μέλη του Συνεταιρισμού για τη Γενική Συνέλευση, ιδιαίτερα δε για το χρόνο, τόπο και τα θέματα που πρόκειται να συζητηθούν σε αυτή και καταβάλει κάθε δυνατή προσπάθεια για την κατά το δυνατόν μεγαλύτερη συμμετοχή των μελών στις εργασίες της.

Η σύγκληση της Γενικής Συνέλευσης γνωστοποιείται στην αρμόδια Διεύθυνση Ψυχικής Υγείας.

Το Διοικητικό Συμβούλιο

Η Γενική Συνέλευση εκλέγει τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου τού Κοι.Σ.Π.Ε. με τη διαδικασία και για το χρόνο που προβλέπεται στο Καταστατικό. Η διάρκεια της θητείας του Δ.Σ. είναι τριετής και παρατείνεται μέχρι την εκλογή του νέου Δ.Σ. μέχρι και τρεις (3) μήνες. Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από 7 τακτικά μέλη καθώς επίσης και από ισάριθμα αναπληρωματικά. Από τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου πέντε (5) μέλη προέρχονται από τη δεύτερη και τρίτη κατηγορία μελών και δύο (2) από την πρώτη κατηγορία μελών, εφόσον δεν τελούν σε πλήρη στερητική δικαστική συμπαράσταση.

Αμέσως μετά την εκλογή του, το Διοικητικό Συμβούλιο και με πρωτοβουλία του Συμβούλου που πλειοψήφησε, συγκαλείται και εκλέγει με φανερή ψηφοφορία τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, τον Γραμματέα, τον Ταμία και τα μέλη. Στις θέσεις Προέδρου, Γραμματέα και Ταμία δεν μπορούν να εκλεγούν μέλη από την πρώτη κατηγορία μελών, όπως αυτή προσδιορίζεται στην παραγρ. 4α του άρθρου 12 του Ν. 2716/1999.

Μέσα στους επόμενους τρεις (3) μήνες το νέο Διοικητικό Συμβούλιο οφείλει να δηλώσει την εκλογή του για καταχώρηση στο μητρώο Συνεταιρισμών του Ειρηνοδικείου της έδρας του.

Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει τακτικά μία φορά το μήνα. Επίσης συνεδριάζει έκτακτα αν το ζητήσει ο Πρόεδρος ή τρία από τα μέλη του Δ.Σ.. Βρίσκεται σε απαρτία και συνεδριάζει έγκυρα όταν παρίστανται πέντε τουλάχιστον μέλη. Οι αποφάσεις λαμβάνονται με την πλειοψηφία των παρόντων μελών. Σε περίπτωση άρτιου αριθμού παρόντων μελών και ισοψηφίας, υπερισχύει η απόφαση που υποστηρίζεται από τον Πρόεδρο. Δύναται ο Πρόεδρος να αναπληρώνεται από μέλος του Δ.Σ.

Αν μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου απουσιάσει σε 4 συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου μέσα στο ίδιο ημερολογιακό έτος χωρίς ιδιαίτερα σημαντικό λόγο εκπίπτει αυτοδικαίως του αξιώματος του και την θέση του καταλαμβάνει το πρώτο κατά σειρά αναπληρωματικό μέλος της κατηγορίας των εταίρων που ανήκει. Οι αποφάσεις καταχωρούνται από τον Γραμματέα στο βιβλίο Πρακτικών του Δ.Σ.

Κανένα μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου δεν επιτρέπεται να έχει με άλλο μέλος συγγένεια μέχρι και τον δεύτερο βαθμό ή να είναι σύζυγοι.

Το Διοικητικό Συμβούλιο του Κοι.Σ.Π.Ε. αποφασίζει για όλα τα θέματα που αφορούν τον Κοι.Σ.Π.Ε. σύμφωνα με το ισχύον νομικό πλαίσιο και εκπροσωπεί νόμιμα αυτόν σε κάθε είδους σχέσης του.

Ειδικότερα, το Διοικητικό Συμβούλιο έχει τις παρακάτω αρμοδιότητες:

• Εφαρμόζει τις αποφάσεις της Γ.Σ, και εποπτεύει την εφαρμογή τους.
• Συγκαλεί τις τακτικές και τις έκτακτες Γενικές Συνελεύσεις και καθορίζει τα θέματα που θα συζητηθούν.
• Καταρτίζει τον Ισολογισμό και τον Απολογισμό και συντάσσει πρόγραμμα εργασιών του επομένου έτους.
• Αποφασίζει για την εγγραφή νέων μελών και την διαγραφή μελών σύμφωνα με τις διατάξεις του καταστατικού και του Νόμου.
• Αποφασίζει την συνομολόγηση συμβάσεων οι οποίες συνεπάγονται διαρκείς ή μακροχρόνιες υποχρεώσεις για τον Κοι.Σ.Π.Ε..
• Αποφασίζει για τα τρέχοντα έξοδα της διοίκησης και λειτουργίας του Κοι.Σ.Π.Ε. ( αναλώσιμα, λειτουργικά, ελαστικές και ανελαστικές δαπάνες, προμήθειες,  έξοδα μετακίνησης του προσωπικού και των μελών των Οργάνων Διοίκησης του Κοι.Σ.Π.Ε.).
• ποφασίζει για την αγορά ή την πώληση μηχανημάτων, εργαλείων, σκευών και λοιπών κινητών περιουσιακών στοιχείων και πάντως αναλώσιμου αγαθού.
• Επεξεργάζεται και υποβάλλει για έγκριση στη Γ.Σ. τον εσωτερικό κανονισμό.
• Προσλαμβάνει και απολύει το προσωπικό του Κοι.Σ.Π.Ε..
• Ασκεί την πειθαρχική εξουσία, όταν παρίσταται λόγος για λήψη πειθαρχικών ποινών.
• Υπογράφει όλα τα έγγραφα του Κοι.Σ.Π.Ε. που απευθύνονται στις δημόσιες αρχές ή σε τρίτους και δέχεται όλα τα έγγραφα που απευθύνονται ή  κοινοποιούνται στον Κοι.Σ.Π.Ε..
• Το Δ.Σ. μπορεί να μεταβιβάσει αρμοδιότητές του σε ένα ή περισσότερα μέλη  του ή και σε υπαλλήλους του Κοι.Σ.Π.Ε..
• Το Δ.Σ εκπροσωπείται από τον Πρόεδρο και νόμιμο εκπρόσωπο του Συνεταιρισμού.
• Δύναται ο Πρόεδρος να αναπληρώνεται από μέλος του Δ.Σ. 
• Συντονίζει την Οικονομική Διαχείριση των Έργων, την Μονάδα Διενέργειας διαγωνισμών και ανάθεσης συμβάσεων στο πλαίσιο υλοποίησης προγραμμάτων
• Συστήνει πάσης φύσεως επιτροπές (π.χ. Επιτροπή Αξιολόγησης Προσφορών, Επιτροπή Ανάθεσης Έργου, Επιτροπή Πιστοποίησης και Παραλαβής Φυσικού Αντικειμένου Έργων κ.λπ.) για την εύρυθμη λειτουργία του συνεταιρισμού.

Το Εποπτικό Συμβούλιο

Αποτελείται από τρία (3) μέλη που εκλέγονται από τη Γενική Συνέλευση. Κανένα μέλος του Ε.Σ. δεν δύναται να είναι και μέλος του Δ.Σ.. Κανένα μέλος του επίσης δεν προέρχεται από την πρώτη κατηγορία μελών, όπως αυτή προσδιορίζεται στην παραγρ. 4α του άρθρου 12 του 2716/1999.

Κανένα μέλος του Ε.Σ. δεν έχει με άλλο μέλος συγγένεια μέχρι τον δεύτεροβαθμό ή είναι σύζυγοι όπως και με μέλος του Δ.Σ. Αν τα μέλη του Κοι.Σ.Π.Ε. είναι λιγότερα από 20 τότε δεν απαιτείται η εκλογή Εποπτικού Συμβουλίου (εκτός αν το ορίζει ρητά το Καταστατικό).

Αρμοδιότητα του Ε.Σ. είναι κυρίως να ελέγχει τις πράξεις του Δ.Σ. καθώς και την τήρηση των αποφάσεων της Γενικής Συνέλευσης από το Διοικητικό Συμβούλιο. Το Ε.Σ. έχει δικαίωμα και υποχρέωση να λαμβάνει γνώση οποιουδήποτε βιβλίου, εγγράφου ή στοιχείων του Κοι.Σ.Π.Ε., να διενεργεί λογιστικό και διαχειριστικό έλεγχο και να παρακολουθεί την πορεία του Κοι.Σ.Π.Ε.. Για τον σκοπό αυτό δικαιούται να διορίσει ειδικό Σύμβουλο ή Εμπειρογνώμονα.

Σε περίπτωση διαπίστωσης παραβάσεων το Ε.Σ. υποχρεούται να υποδείξει εγγράφως την επανόρθωσή τους και να ζητήσει εκτάκτως από το Δ.Σ. τη σύγκληση της Γενικής Συνέλευσης.